Tujuh Misteri terkenal yang tampaknya dimiliki setiap sekolah merupakan bagian penting dari legenda urban Jepang. Salah satu kisah yang paling terkenal adalah kisah Hanako-san: hantu seorang gadis muda yang menghantui kamar mandi sekolah.
Akademi Kamome memiliki versi legenda Hanako-san sendiri. Rumor mengatakan bahwa jika seseorang berhasil memanggil Hanako-san, ia akan mengabulkan permintaan apa pun dari pemanggilnya. Terpancing oleh gosip tersebut, banyak orang mencoba memanggilnya, namun setiap upaya gagal. Namun, ketika Nene Yashiro, seorang gadis yang mengharapkan keberuntungan romantis, berani memanggil Hanako-san, ia menemukan bahwa “gadis” yang dikabarkan itu sebenarnya laki-laki!
Setelah serangkaian kejadian malang yang melibatkan hasrat romantis Yashiro, ia tanpa sadar terjerat dalam dunia supranatural, menjadi asisten Hanako-kun. Tak lama kemudian, dia mengetahui tugas Hanako-kun yang kurang diketahui: menjaga keseimbangan rapuh antara manusia dan penampakan.